Le differenze tra queste 2 forme d'espressione si possono distinguere come segue:

La marionetta è un pupazzo che compare in scena a corpo intero ed è mosso dall'uomo a distanza o con accorgimenti non visibili (celati dalla quinta).

Alcuni esempi:

Da sotto: 

Da sopra:

 

Il burattino è un pupazzo che appare in scena a mezzo busto è mosso dal basso. Il burattinaio infila il personaggio come se fosse un guanto.

Un esempio: